Berikut merupakan struktur organisasi Pemerintah Desa Pekalongan, Kecamatan Bojongsari, Kabupaten Purbalingga. Di posisi tertinggi dalam struktur ini adalah Sumbono, yang menjabat sebagai Kepala Desa Pekalongan. Beliau dibantu oleh Surono sebagai Sekretaris Desa, yang memiliki peran penting dalam menjalankan fungsi administrasi dan membantu pelaksanaan kebijakan-kebijakan desa.
Di bawah Sekretaris Desa, terdapat beberapa kepala urusan dan kepala seksi, yakni Yuni Aningrum sebagai Kasi Pemerintahan, Aditya Probo Prasetyo sebagai Kaur Keuangan, Julian Rachmawan H sebagai Kaur Perencanaan, Alifudin sebagai Kaur Kesejahteraan Rakyat (Kesra), dan Hadirin sebagai Kaur Tata Usaha (TU). Masing-masing memiliki tanggung jawab di bidangnya untuk mendukung kelancaran administrasi dan pembangunan desa.
Selain itu, struktur organisasi ini juga mencakup lima kepala dusun yang memimpin wilayah-wilayah kecil di bawah desa, yaitu Budiharjo Adi S (Kepala Dusun 1), Marwati (Kepala Dusun 2), Yanuar Kartika Sari (Kepala Dusun 3), Widiyanto (Kepala Dusun 4), dan Sularno (Kepala Dusun 5). Para kepala dusun ini bertugas sebagai penghubung antara warga dusun dengan pemerintah desa serta mengkoordinasikan berbagai kegiatan masyarakat di wilayah masing-masing. Struktur organisasi ini mencerminkan pembagian tugas yang jelas dan terstruktur guna mendukung pelayanan publik yang optimal di Desa Pekalongan.